Drejtoria e Menaxhimit dhe Kontrollit, përgjigjet për ngritjen dhe mirëmbajtjen e Regjistrit Kombëtar të Fondit Pyjor (RKFP); menaxhimin e bazës qëndrore e të integruar të të dhënave; mirëmbajtjen dhe përditësimin e sistemit të integruar të informacionit në sektorin e pyjeve (ALFIS); shqyrtimin/vlerësimin planeve të mbarështimit/menaxhimit, projekteve të punimeve kulturale, të pyllëzimit dhe të rehabilitimit të fondit pyjor; monitorimin dhe kontrollin e veprimtarisë së operatorëve publikë ose privatë në fondin pyjor, veprimtarisë së strukturave të administrimit e të inspektimit pyjor në Njësitë e Vetëqeverisjes Vendore/Bashkitë, për të garantuar zbatimin e legjislacionit, plotësimin e kritereve/kushteve të përcaktuara në dokumentet planifikuese dhe lejet e miratuara; koordinimin me Njësitë e Vetëqeverisjes Vendore/Bashkitë dhe Agjencinë Kombëtare të Zonave të Mbrojtura.