Agjencia Kombëtare e Pyjeve, ka si mision: “Mirëqeverisjen e pyjeve në nivel kombëtar, ruajtjen dhe zhvillimine tyre, përdorimin e qëndrueshëm dhe shumëfunksional të burimeve në fondin pyjor kombëtar, si pasuri natyrore me rëndësi kombëtare”.Në funksionin drejtuese Agjencia Kombëtare e Pyjeve ka rolin e një autoriteti që garanton performancën dhe efikasitetin e sektorit, siguron standarde dhe metodologji për aktivitetet dhe operacionet e sektorit,angazhon palët e interesuara dhe forcon koordinimin/bashkëpunimin midis tyre. Krijon një sistem të përshtatshëm për mbledhjen e informacionit dhe transferimin e njohurive. Është Përgjegjëse për garantimin e performancës dhe standardeve në lidhje me fondin pyjor kombëtar.