Ylli HOXHA ka lindur në Mat, më 22 mars 1974. Ai është i martuar dhe ka 3 fëmijë.

Në vitin 2000, përfundoi studimet e larta dhe u diplomua me titullin “Inxhinier Pyjesh”, pranë Fakultetit të Shkencave Pyjore, në Universitetin Bujqësor të Tiranës.
Në vitin 2009, përfundoi Masterin Shkencor “Qeverisjen Ekologjike të Pyjeve”, në Fakultetin e Shkencave Pyjore, në Universitetin Bujqësor të Tiranës.

Karriera e tij profesionale mbart disa pozicione të rëndësishme drejtuese në institucione të ndryshme në Shqipëri, si; Drejtor i Departamentit të Transferimit të Teknologjisë dhe Drejtor i Departamentit të Pyjeve, në Agjencia Kombëtare e Mjedisit dhe Pyjeve. Drejtor i Mbrojtjes dhe Trajtimit të Departamentit të Pyjeve, në Ministrin e Mjedisit dhe Përgjegjës i Sektorit të Pyjeve, në Ministrin e Turizmit dhe Mjedisit.

Që prej Shtatorit 2025, shërben si Drejtor i Përgjithshëm i Agjencisë Kombëtare të Pyjeve.
Ylli Hoxha, ka kryer një sërë trajnimesh, kualifikimesh dhe veprimtari të tjera kombëtare dhe ndërkombëtare me karakter shkencor e teknik.

Ai është njohës shumë i mire i gjuhës angleze, komunikon rrjedhshëm në gjuhën italiane dhe gjuhën greke.